En ocaciones me ha sucedido algo parecido, y al parecer, el korg recibe informacion midi de cambiar de sonido, esto quiza por alguna preferencia en el reaper, Aunque lo mas comun es que ese comando sea una orden program change que viene dentro de una pista midi, y se puede acceder a ella editando el archivo del canal midi con el editor "list", aunque en tu caso, si es al presionar stop y no al pasar por alguna pista midi, supongo que es una orden que viene del mismo DAW. Uso cubase, por lo que no se si tenga alguna opcion asi, pero quiza por ahi este la solucion.

si tenés que tener tildada una opcion, de que cuando presione stop envie la señal midi reset.
No conozco reaper.

hola!!! en reaper no se como es, pero en cubase abres el track list, y al principio de la lista estan los comandos Program Change, se borran esos comandos poniendo el cursor sobre ellos y apretando DEL/SUPR. Basicamente debes eliminar todo comando que no uses para agilizar la reproduccion. Si no estas seguro de lo que estas haciendo, o si piensas que a esos controladores los necesitaras en el futuro, trabaja sobre una copia del original. Suerte!!!