Hola viejo...ante todo, tenes instalado el Quick Time?no te olvides que Pro Tools (todos) trabajan asociados a este soft.
Yo tengo el M-Powered 7.4 con QT y puedo importar mp4,avi, etc (instale el Toolkit)
De ultima, podes exportar el audio en algun otro programa de la maquina, por decir Total Converter o alguno asi, y despues lo importas como audio a tu sesion de Pro Tools...va a tener el mismo largo de tu pelicula y lo vas a sincronizar perfectamente.
Por otro lado, Pro Tools NO ESTA PREPARADO PARA VIDEO, por lo que te recomiendo que si queres reemplazar el audio de tu pelicula, hagas toda la post en Pro Tools y luego pegues el audio bounceado a 48kHz, 16 bits (en caso que vaya a parar a un DVD) en una sesion de Premiere o de algun editor de video...eso es lo mejor.
Ahora, si no tenes mas remedio que cambiar el audio desde Pro Tools, cuando instales Quick Time y hags Bounce to...ahi te aparece la opcion Bounce to movie y te hace un .mov
Espero haberte ayudado en algo.
Abrazos!!

MMM..... aparte de quicktime, te recomiendo que descargues e instales algun paquete de hidecs, ya que algunos daws responden a los hidecs instalados en el sistema.
en cuanto a insertar el video, yo no suelo manejar editores de video, otra persona se encarga de la edicion del video, suelo entregarle el wave o aif para que el lo inserte al video, para asegurarnos que la calidad del video original.