Bien, mucha gente suele instalar varios sistemas operativos en un mismo ordenador (yo soy un ejemplo, tengo 5 SOs distintos, pero 3 son para programación y/o por aplicaciones únicas para determinados SOs)
Pero claro, también mucha gente instala con bootloaders, o en particiones, etc.

Sinceramente, eso trae problemas a la larga, ya sea a nivel de soft (el uso masivo de un disco afecta a TODO el disco, no sólo a una partición, con lo que pueden darse archivos corruptos) o a nivel de hardware (utilizar el mismo disco para, por ejemplo, dos sistemas operativos simultáneos, que se lleva de moda, desgasta a más velocidad la vida útil del disco en sí)

Bien, la opción más recomendable es, siempre, un disco físico (no lógico, que eso sería una partición).

Pero claro, el problema principal viene cuando instalamos un sistema operativo, y ya tenemos otro en otro disco. Todos los que hemos tenido en un disco alguna vez un Windows y en otro un Linux, sabemos muy bien de qué se trata: se llevan mal, muy mal (incluso MacOSX con Fedora o Redhjat, haced la prueba si queréis, welcome to kernel panic  según le apetezca)

¿Cómo solucionar esto?

Fácil, pero antes, un poco de explicación.

Si tienes un sistema operativo instalado, y vas a instalar otro, aunque sea en otro disco físico, el nuevo disco va a detectar otros sistemas operativos, y los va a marcar. Eso implica escribir en el MBR (Master Boot Record), y si lo estás haciendo con un bootloadre, aún peor, porque escribe directamente en el MBR y en la copia.

La única forma de solucionar esto, y sin necesidad de echar mano de ningún software para las instalaciones, es simple. Supongamos que tienes un sistema operativo "x" en el disco 1, y vas a instalar en los discos 2 y 3 otros dos sistemas operativos. Estos son los pasos a seguir:

-desconectar FÍSICAMENTE (quitando cables) todos los discos EXCEPTO el que vamos a utilizar para instalar el nuevo sistema operativo "y".

-al instalarlo, el sistema operativo no habrá detectado al otro sistema operativo, con lo que, evidentemente, y más cuando lo desconectamos antes, no escribirá nada en el MBR del disco 1, y de esta forma, tenemos el sistema operativo "x" intacto.

-para hacer esto con el disco 3 y con otro sistema operativo, hacemos exactamente igual.

-conectamos los discos con todos sus cablecitos monos de colores XD

-arrancamos, y, por regla general en las placas base tienen una opción, hacemos como cuando vamos a entrar en la BIOS, pero en lugar de la tecla SUPR (o DEL, según país), pulsamos la tecla F12

-Ahí aparecerán los diferentes discos físicos detectados, y arrancamos con el que deseemos arrancar.

Esto hará que el sistema operativo detecte los demás discos, pero no como sistemas operativos, sino simplemente como discos físicos.

Tachaaaaaaaán

Así de fácil, de esta forma, ningún sistema operativo interfiere en los demás. Sencillamente no puede (a no ser que seas un manazas y empieces a toquetear archivos de sistema de los otros discos, que hay gente para todo)
 ^^ ^^ ^^

Anda SEGURO, jejeje.

Una característica de TODOS los sistemas operativos en la instalación, es la detección de otros sistemas operativos en los demás discos y/o particiones, para avisarte en caso de que vayas a instalarlo en el mismo disco, de que puedes joderte el sistema instalado previamente, así te da la opción de instalarlo en otra parte.

De esta forma, ni se detectan en la instalación, ni puedes joder el instalado previamente, ni se pisan en la cabecera del disco (el famoso MBR).

Tengo varios SOs instalados, hasta un AmigaOS XL (el normal sirve sólo para los PPC G4 y G5, actualmente instalándose en las maravillosas nuevas máquinas Amiga que están por llegar)

NOTA: Una característica del AmigaOS es que es de microkernel avanzado bimodular, es decir, si se estropeara por lo que fuese el módulo principal de gráficos, se activaría el segundo módulo, para no dejarte sin gráficos, o el de sonido, igual. Ah, y se carga íntegro en RAM, con lo que la velocidad del sistema operativo ya lo querrían ningún otro sistema, y sólo pesa en RAM 512MB.

Estoy deseando que saquen ya los nuevos Amiga, porque serán una patada en el culo al resto, ya que mantiene una compatibilidad a nivel de código con Linux, Unix y Windows, es decir, que puedes correr con módulos, sin emulación, apps de otros sistemas (algo así como el SUA de Windows 7 y el SLA de Windows 8, para Unix y Linux respectivamente)

¿Para que correr riesgos? Si se necesita un sistema operativo para programar por ejemplo, lo que implica instalar una o varias herramientas específicas ¿por que no hacerlo en una máquina virtual?. Existen muchas soluciones viables, Virtualbox, VirtualPC, VMWare y mas. Con cualquiera de ellas se pueden instalar tantos sistemas operativos como quepan en nuestra PC, con riesgo 0 de estropear algo o de que se interfieran mutuamente. Podría argumentarse que hay una pérdida de rendimiento por correr virtualizado, pero hoy por hoy en una PC moderna está pérdida si bien existe no se nota en absoluto.

Nada de lo que pase en una máquina virtual afecta a la PC real, mientras que lo que pase (o hagamos) en un sistema instalado en una partición si puede afectar a los sistemas instalados en otras particiones u otras unidades de disco. Con un hardware decente es difícil encontrar una justificación para  instalar sistemas en diferentes particiones, mientrras que es muy práctico hacerlo de manera virtualizada: seguridad, uso mas eficiente del espacio de disco, portabilidad, posibilidad de ejecución en conjunto (dos o mas sistemas al mismo tiempo), comunicación por red entre sistemas, etc. Tampoco hay que estar abriendo la PC y descoenctando discos o desactivándolos desde el BIOS.

Saludos.

Es verdad, las máquinas virtuales en mayor o menor medida (afortunadamente cada vez menos) se interponen en el acceso al hardware y también es verdad que en el caso de una PC virtual infectada con un gusano y conectada en red con la PC real, podría llegar a existir un riesgo de infección, eso si la PC real fuera propensa. Tal vez debí decir "cero riesgo agregado" ya que al usar múltiples sistemas el riesgo de infección cruzada también podría existir, no es un problema agregado ni agravado por la virtualización.

De todas formas y para una gran cantidad de usos estos inconvenientes, o riesgos de seguridad  -casi- teóricos se ven creo, ampliamente compensados por las ventajas de la virtualización. Claro que siempre habrá casos donde sea absolutamente necesario instalar mas de un sistema operativo en una misma PC, pero la mayoría de las veces, las máquinas virtuales son una solución muchísimo mas cómoda e igual de efectiva. No en todos los casos, claro.

En ningún momento comenté que hubieras hablado de instalar particionando, solo lo mencioné porque es otra forma muy común de instalar múltiples S.O., y lo del BIOS porque puede ser una alternativa mas cómoda (no siempre) a desconectar los discos físicamente.

En fin, parece que mi post no te cayó del todo bien o que lo entendiste (leiste) en un tono que no fue el que yo pretendí. Nada mas quise comentar una alternativa, complementar tu excelente aporte, nunca fue mi intención intentar jugar "al mas rápido del oeste". ¡Nada mas lejos!

Aclarado eso último, que es mucho mas importante que cualquier detallecito técnico me despido cordialmente,

Mr.X

También es cierto, cuando existe un hoyo en la seguridad, alguien o algo, en algún momento lo puede aprovechar.

No discuto eso, solo que el mismo hoyo también existe en una instalación de múltiples S.O., la virtualización no agrega ni quita nada a ese respecto. Si el anfitrión es susceptible puede infectarse de una forma u otra, ya sea por red desde una máquina virtual o por acceso directo a sus archivos por parte de otro sistema instalado. Incluso me atrevería a decir que en el caso de la máquina virtual, como el sistema anfitrión está activo tiene chances de reaccionar ante un ataque, o por lo menos hacer valer los permisos en su propio sistema de archivos (ej. evitar alteraciones en archivos vitales), mientras que si sus archivos son accedidos desde otro sistema no hay defensa posible, el otro sistema es dueño y señor, no hay permisos, firewall ni antivirus que valgan.

Estamos totalmente de acuerdo que la virtualización tiene un costo en rendimiento, esto es y siempre va a ser así; pero este costo es hoy por hoy aceptable en la mayoría de los casos. En esto del rendimiento juegan muchas variables, pero en general en las PCs personales modernas no solo hay muchos ciclos de procesador ociosos sino también núcleos ociosos muy buena parte del tiempo. Lo que hace la virtualización es simplemente aprovechar u ocupar mejor los recursos de la PC, claro que cuando hay competencia por los recursos estos obviamente se van a distribuir.

Creo que la virtualización es una tecnología que está evolucionando pero que que llegó para quedarse, cuyas ventajas ya superan con creces a sus inconvenientes. Esto no quita que en algunos casos otras soluciones como por ejemplo instalar múltiples S.O. sean mas adecuadas. En ese caso, diría que la solución que propusiste (un disco físico por sistema operativo) es tal vez mas "limpia" y probablemente menos riesgosa que el uso de particiones en el mismo disco, como contraparte también tiene un costo económico mayor (discos, energía) y probablemente no aprovecha el espacio de la manera mas flexible o eficiente.