saludos, supongo que el efecto es en realidad un sonido o programa o patch. Si es asi, aunque lo cambies y suene distinto siempre vuelve al mismo sonido inicial, es porque en la pista midi esta insertado algun comando de cambio de programa o de reset, de tal modo que cada vez que pasa el cursor de play y lee este comando, el vsti lo reconoce y cambia el sonido al que se le programo originalmente.
Esto lo puedes ver en la pista midi,
solamente si la abres con el editor list que esta en el menu midi de nuendo, por lo general aparecen las notas (note) y los comandos que te menciono aparecen como datos tipo program change (prgch) o algo similiar. Seleccionalos, dales delete y problema resuelto.
