Es que la tonalidad es la misma para todos los instrumentos, por más que los transpositores tengan una armadura de clave diferente! No podés cambiar la armadura del transpositor sin que cambien todos los demás. Lo que sí podés hacer es mostrar todas las líneas en concert pitch, que son los sonidos reales. De esta manera, los transpositores son mostrados con la misma armadura de clave correspondiente a la tonalidad que elegiste al inicio de la obra. Pero ojo, porque no solo los transpositores con armadura diferente cambian, sino los que transponen a octavas también, por ejemplo a una flauta piccolo vas a tener que escribirle la parte con un montón de líneas adicionales por encima del pentagrama.... Y no te olvides antes de imprimir la obra de volver a mostrar los instrumentos transpuestos.

Ahora sí las indicaciones: para mostrar todo en concert pitch, en Finale 2010 (es el que yo uso) vas al menú Document y ahí tildás la opción Display in Concert Pitch. Tan sencillo como eso. Cuando quieras imprimir, destildás y listo.

Hola GraueromanII, no se si es un poco tarde para tu problema pero realmente si puedes cambiar las armaduras de cada instrumento. Lo primero que tienes que hacer es  clik en el icono donde aparece la clave de sol  (Finale lado izquierdo )y luego hacer clik en un pequeno cuadradito blanco que se hace al comenzar cada pentagrama, inmediatamente  aparese una ventana (que se llama staff atributes) con varias opciones. tu deves ir donde dice elementos independientes y seleccionar key signature. Eso resuelve tu problema OK saludos ( un poco tarde pero soy nuevo y apenas estoy leyendo los post)