usas driver asio, usas Microsoft Midi Wavetable Synth? dá un poco mas de datos, pueden ser muchas cosas.
Me había olvidado... podes usar, un filtro de "program change" y si eliminas eso, te elimina el cambio de programa. ( o sea instrumento.)

No se como es en fruity loops, he escuchado que tiene varias limitaciones con respecto a midi ni idea, en cubase es simple.

lo mismo me paso a mi en cubase y la solucion es borrar las puntas (solo la parte del inicio ) de cada track (en este caso de los midis) ami me resulto espero que te sirva........

Ese es el tema... poder borrar esa automatización que traen algunos canales del midi que abrí... busco en el FL y no encuentro el modo. Y la verdad que probé otros secuenciadores (un poco) como Nuendo o Cakewalk, pero este FL es mas sencillito e ideal para lo que yo hago: "jugar".

Los eventos en FL Studio se visualizan y modifican (que yo sepa) en el piano roll.
Aqui esta el manual:
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Si vamos al piano roll, hay arriba un selector de menu llamado Target Control donde normalmente pone 'Velocity', que es donde selecionamos lo que se va a ver y modificar si queremos en el 'Integrated Event Editor' que es la parte de abajo del piano roll, (mirar en el dibujo del manual).
En este 'editor de eventos', podemos cambiar los datos con el lapicerito y bla bla bla.
En el caso de cambio de instrumento, es realmente horrible elegir el instrumento con el lapicerito. (si alguien sabe otro método que lo diga).
Básicamente así he aprendido a hacerlo con el FL Studio.

Espero que sirva de ayuda a alguien. Y si no, pues ná.
Saludos a todos.