no tengo idea de fruity loops, pero si los cambios no los hiciste EDITANDO ningún wav, deberías MUTEAR la pista de automatización donde tenés los cambios. en cubase esto se haría desactivando la opción READ, que justamente "LEE" las automatizaciones que hemos hecho, por ejemplo, en volumen.

NO hay problema con eso:
con el pattern que contiene la informacion que quieres modificar, hacer click con el boton derecho sobre el boton de volumen que quieres, y seleccionas "edit" entonces se abrira una ventana con la pista de automatizacion, ahi puedes hacer los cambios que quieras. Si te gusta jugar con la automatizacion,en el mismo panel, fl studio tiene una herramienta de LFO (oscilador de baja frecuencia) con parametros iniciales y finales. Es una de las herramientas que mas me gustan de FL studio y que cubase no tiene 
Espero te sea util la info. 

buena esa info.. graxx