fijate en la configuracion de los vst si te deja asignar un teclado... la verdad es la primera vez q veo una pregunta asi sino otra cosa seria meterse a propiedades y asignarlos, pero por ejemplo el ableton libe tiene una lista para asignar midis si mal no recuerdo... y el fl creo q tiene solo uno ... pero bueno nose, ponete a investigar en las propiedades de los vst que usas y fijate si te deja.. sino espera a que alguno que la tenga mas clara te ayude, que tengas suerte 

yo nunca pude asignar canales midis diferentes para cada vst en FL STUDIO asi que lo veo imposible

mas vale usa ABLETON LIVE 

El teclado yamaha por default sale en el midi channel 1, el controlador midi debes configurarlo para que salga por el midi channel 2. Una vez hecho esto en Fl Studio cargas los 2 VSTi y selecciona los 2 Vst: Como lo haces? 1 Click sobre el boton verde a la derecha del primer vst ejemplo "Kontakt" (x). y luego 1 clic DERECHO sobre el boton verde del 2do plugin ejemplo "Omnisphere" (x). De tal maera que los vst están con los botones verdes del lado derecho encendidos. Me explico? A mi me funciona de esa manera. Espero te sirva..