Hola Newone,
                    Si bien es cierto que podes correr Omni en Cubase Sx3, hay varios problemas de compatibilidad. Esto se debe principalmente a que Omni fue diseñado para un Daw o una version de tu Daw mas actual (no tanto por el tema Vst 2.4 sino por incompatibilidad de codigo del Cubase Sx3 con plugins nuevos). Esta info la se por que yo los tuve andando juntos por un tiempo y el Cubase se colgaba, y varios instrumentos del Omni no sonaban. Algo parecido a lo que te pasa a vos pero yo SI tenia el instrumento en el midi out. Todo se solucionó con un upgrade del Cubase. En mi caso estoy usándolo en Nuendo 4 sin mayores problemas.

Ahora, estoy asumiendo que tenes un Cubase bien crackeado (u original  ) y que sabes setear prefectamente el programa para trabajar con Midi. Si queres mas info pone "issues with omnisphere and cubase sx3" en google y veras o sino anda directamente al foro de Cubase Sx para ver quejas, problemas y por que no posibles soluciones. Basicamente, te recomendaría tener un buen Cubase Sx3 o actualizarte (lo que para mi es mas razonable). Suerte