Más que asignar efectos a cada canal midi tenes que pensar en sacar cada instrumento del kontakt por salidas de audio distintas y aplicarles a cada uno el efecto por separado.
para eso tenes q crear en el kontakt unas salidas de audio más, lo haces desde la parte de outputs.
despues a cada isntrumento además de asignarle un canal midi le espcificas tambien un output distinto.
como es cubase 5 acordate de activarle al kontakt todas las salidas que uses, sino solo te va a sonar la primera.
cualquier cosa preguntame de nuevo, saludo!