no se si lo hayas resuelto, ya que hace cerca de un mes que hiciste este post, pero por si no, lo mas probable que esté causando el problema de las  notas cortadas es por el ajuste de numero maximo de voces simultaneas al cual esta determinado el vsti, en el caso de kontakt este aparece en el panel de cada patch, como numero maximo de voces que, al llegar al maximo, se empiezan a eliminar algunas voces, para no sobrecargar el sistema, simplemente sube ese limite, que al parecer con subir unas 5 o 10 voces resuelves ese problema.
 solo ten en cuenta que para algunos vstis, los samples estereofonicos son tomados como 2 voces y no una.
si persisten los problemas de esas notas, puedes probar el exportar el audio en tiempo real.